Dans un monde où les super-pouvoirs sont réglementés, des héros de l'ombre émergent pour défendre la justice à leur manière.
"My Hero Academia: Vigilantes" se déroule cinq ans avant les événements de la série principale. Koichi Haimawari, étudiant universitaire ordinaire, possède un Alter lui permettant de glisser sur les surfaces. N'ayant pas réussi à obtenir une licence de héros professionnel, il utilise discrètement son pouvoir pour aider les autres sous le pseudonyme de "The Crawler". Sa vie bascule lorsqu'il croise le chemin de Kazuho Haneyama, alias Pop☆Step, une idole locale, et de Knuckleduster, un justicier sans Alter mais doté d'une détermination inébranlable. Ensemble, ils forment une équipe de vigilants opérant en marge de la loi pour combattre les menaces que les héros officiels ne peuvent ou ne veulent pas affronter.